Pendirian INDI dimulai ketika pada tanggal 28 Mei 2019 beberapa peneliti dan akademisi dari berbagai latar belakang bidang ilmu di UGM berkumpul dengan membawa kegelisahan masing-masing terkait keberadaan pewarna alami di Indonesia. Kegelisahan itu menyangkut fakta bahwa sekian aktivitas penelitian dan pengembangan yang dilakukan selama ini dipandang belum memberikan pengaruh besar terhadap perkembangan yang berkaitan dengan pewarna alami. Oleh karena itu berbagai peneliti dan akademisi tersebut mencoba merumuskan suatu wadah yang lebih terstruktur dan dikelola dengan baik, melalui road map penelitian yang komprehensif. Dengan demikian diharapkan hasil dari penelitian dan pengembangan yang dilakukan menjadi lebih tersistem dan efisien sehingga memberi dampak yang lebih luas baik secara nasional maupun internasional. Untuk itu dirumuskanlah wadah yang diharapkan bisa menfasilitasi hal-hal yang berkaitan dengan pengelolaan dan perkembangan pewarna alami secara lebih tersistem dan efisien di Indonesia dan dunia internasional, melalui kegiatan tri dharma perguruan tinggi UGM. Wadah yang diberi nama Indonesia Natural Dye Institute (INDI) itu telah di-launching pada tanggal 10 Desember 2019 di Grha Sabha Pramana UGM oleh Rektor dengan dihadiri berbagai institusi mitra yang memiliki kepedulian terhadap pewarna alami di Indonesia.
